Zoeken
Zoeken kan via de modus 'eenvoudig zoeken' (één veld) of uitgebreid via 'geavanceerd zoeken' (meerdere velden). Zo kan je bv. zoeken op een combinatie van een auteursnaam (auteur), een jaartal (jaar) en een documenttype.
Boekenmand
Nuttige resultaten kan je aanvinken en toevoegen aan een mandje. De inhoud hiervan kan je exporteren of afdrukken (naar bv. PDF).
RSS
Op de hoogte blijven van nieuw toegevoegde publicaties binnen uw interessegebied? Dit kan door een RSS-feed (?) te maken van jouw zoekopdracht.
nieuwe zoekopdracht
MetaSort untangles metagenome assembly by reducing microbial community complexity
Ji, P.; Zhang, Y.; Wang, J.; Zhao, F. (2017). MetaSort untangles metagenome assembly by reducing microbial community complexity. Nature Comm. 8(14306): 14 pp. http://dx.doi.org/10.1038/ncomms14306
In: Nature Communications. Nature Publishing Group: London. ISSN 2041-1723; e-ISSN 2041-1723
|   |
| Auteurs | | Top |
- Ji, P.
- Zhang, Y.
- Wang, J.
- Zhao, F.
|
|
|
| Abstract |
Most current approaches to analyse metagenomic data rely on reference genomes. Novel microbial communities extend far beyond the coverage of reference databases and de novo metagenome assembly from complex microbial communities remains a great challenge. Here we present a novel experimental and bioinformatic framework, metaSort, for effective construction of bacterial genomes from metagenomic samples. MetaSort provides a sorted mini-metagenome approach based on flow cytometry and single-cell sequencing methodologies, and employs new computational algorithms to efficiently recover high-quality genomes from the sorted mini-metagenome by the complementary of the original metagenome. Through extensive evaluations, we demonstrated that metaSort has an excellent and unbiased performance on genome recovery and assembly. Furthermore, we applied metaSort to an unexplored microflora colonized on the surface of marine kelp and successfully recovered 75 high-quality genomes at one time. This approach will greatly improve access to microbial genomes from complex or novel communities. |
IMIS is ontwikkeld en wordt gehost door het VLIZ.
