Catalogus

Zoeken

Zoeken kan via de modus 'eenvoudig zoeken' (één veld) of uitgebreid via 'geavanceerd zoeken' (meerdere velden). Zo kan je bv. zoeken op een combinatie van een auteursnaam (auteur), een jaartal (jaar) en een documenttype.

Boekenmand

Nuttige resultaten kan je aanvinken en toevoegen aan een mandje. De inhoud hiervan kan je exporteren of afdrukken (naar bv. PDF).

RSS

Op de hoogte blijven van nieuw toegevoegde publicaties binnen uw interessegebied? Dit kan door een RSS-feed (?) te maken van jouw zoekopdracht.

log in

Publicaties | Kaarten

nieuwe zoekopdracht

[ meld een fout in dit record ]

mandje (0): toevoegen | toon

---

SILVA, RDP, Greengenes, NCBI and OTT — how do these taxonomies compare? Balvociute, M.; Huson, D.H. (2017). SILVA, RDP, Greengenes, NCBI and OTT — how do these taxonomies compare? BMC Genom. 18(S2): 8. https://dx.doi.org/10.1186/s12864-017-3501-4 In: BMC Genomics. BioMed Central: London. e-ISSN 1471-2164

---

Beschikbaar in	Auteurs
VLIZ: Open access 308024 [ download pdf ]

---

Author keywords

Metagenomics, Taxonomic classification, OUT assignment, NCBI, Silva, RDP, Greengenes, Open tree of life

---

Auteurs		Top
Balvociute, M. Huson, D.H.

---

Abstract

BackgroundA key step in microbiome sequencing analysis is read assignment to taxonomic units. This is often performed using one of four taxonomic classifications, namely SILVA, RDP, Greengenes or NCBI. It is unclear how similar these are and how to compare analysis results that are based on different taxonomies.ResultsWe provide a method and software for mapping taxonomic entities from one taxonomy onto another. We use it to compare the four taxonomies and the Open Tree of life Taxonomy (OTT).ConclusionsWhile we find that SILVA, RDP and Greengenes map well into NCBI, and all four map well into the OTT, mapping the two larger taxonomies on to the smaller ones is problematic.

---

Alle informatie in het Integrated Marine Information System (IMIS) valt onder het VLIZ Privacy beleid

Top | Auteurs