Zoeken
Zoeken kan via de modus 'eenvoudig zoeken' (één veld) of uitgebreid via 'geavanceerd zoeken' (meerdere velden). Zo kan je bv. zoeken op een combinatie van een auteursnaam (auteur), een jaartal (jaar) en een documenttype.
Boekenmand
Nuttige resultaten kan je aanvinken en toevoegen aan een mandje. De inhoud hiervan kan je exporteren of afdrukken (naar bv. PDF).
RSS
Op de hoogte blijven van nieuw toegevoegde publicaties binnen uw interessegebied? Dit kan door een RSS-feed (?) te maken van jouw zoekopdracht.
nieuwe zoekopdracht
Metabarcoding of museum samples stored in formalin: analysing the prey and microbiome composition of Antarctic fish (Trematomus sp.)
Heindler, F.M. (2018). Metabarcoding of museum samples stored in formalin: analysing the prey and microbiome composition of Antarctic fish (Trematomus sp.). Brilliant Marine Research Idea 2017 – Final Report. KULeuven, Laboratory of Biodiversity and Evolutionary Genomics: Leuven. 7 pp.
|  |
| Abstract |
We present the first study to assess the prey item and microbiome composition of Antarctic fish that have been stored in formalin for prolonged amounts of time. We applied a technique of treatment of the stomachs/hind guts with an alkaline solution and heat in order to extract DNA. We then amplified a region of the COI mitochondrial gene for stomachs and 16S rRNA nuclear gene for the hindgut samples to assess the prey item and microbiome composition, respectively. We employed extensive quality and contamination controls in order to ensure reliable results. We found that stomach samples were characterized strongly by contamination. In contrast, microbiome composition clustered differently from all our quality control samples. Therefore, we have high confidence in the quality of the microbiome composition data. Furthermore, we found a weak correlation between microbiome composition and standard length (size) of the fish. Due to high dropout rates among samples few were left and therefore the results are lacking statistical confidence. Results will be compared with contemporary samples once these have been further analyzed. |
IMIS is ontwikkeld en wordt gehost door het VLIZ.
