Zoeken
Zoeken kan via de modus 'eenvoudig zoeken' (één veld) of uitgebreid via 'geavanceerd zoeken' (meerdere velden). Zo kan je bv. zoeken op een combinatie van een auteursnaam (auteur), een jaartal (jaar) en een documenttype.
Boekenmand
Nuttige resultaten kan je aanvinken en toevoegen aan een mandje. De inhoud hiervan kan je exporteren of afdrukken (naar bv. PDF).
RSS
Op de hoogte blijven van nieuw toegevoegde publicaties binnen uw interessegebied? Dit kan door een RSS-feed (?) te maken van jouw zoekopdracht.
nieuwe zoekopdracht
MARES, a replicable pipeline and curated reference database for marine eukaryote metabarcoding
Arranz, V.; Pearman, W.S.; Aguirre, J.D.; Liggins, L. (2020). MARES, a replicable pipeline and curated reference database for marine eukaryote metabarcoding. Scientific Data 7(1): 209. https://dx.doi.org/10.1038/s41597-020-0549-9
In: Scientific Data. Nature Publishing Group: London. ISSN 2052-4463; e-ISSN 2052-4463
|   |
| Auteurs | | Top |
- Arranz, V.
- Pearman, W.S.
- Aguirre, J.D.
- Liggins, L.
|
|
|
| Abstract |
The use of DNA metabarcoding to characterise the biodiversity of environmental and community samples has exploded in recent years. However, taxonomic inferences from these studies are contingent on the quality and completeness of the sequence reference database used to characterise sample species-composition. In response, studies often develop custom reference databases to improve species assignment. The disadvantage of this approach is that it limits the potential for database re-use, and the transferability of inferences across studies. Here, we present the MARine Eukaryote Species (MARES) reference database for use in marine metabarcoding studies, created using a transparent and reproducible pipeline. MARES includes all COI sequences available in GenBank and BOLD for marine taxa, unified into a single taxonomy. Our pipeline facilitates the curation of sequences, synonymization of taxonomic identifiers used by different repositories, and formatting these data for use in taxonomic assignment tools. Overall, MARES provides a benchmark COI reference database for marine eukaryotes, and a standardised pipeline for (re)producing reference databases enabling integration and fair comparison of marine DNA metabarcoding results. |
IMIS is ontwikkeld en wordt gehost door het VLIZ.
