Zoeken
Zoeken kan via de modus 'eenvoudig zoeken' (één veld) of uitgebreid via 'geavanceerd zoeken' (meerdere velden). Zo kan je bv. zoeken op een combinatie van een auteursnaam (auteur), een jaartal (jaar) en een documenttype.
Boekenmand
Nuttige resultaten kan je aanvinken en toevoegen aan een mandje. De inhoud hiervan kan je exporteren of afdrukken (naar bv. PDF).
RSS
Op de hoogte blijven van nieuw toegevoegde publicaties binnen uw interessegebied? Dit kan door een RSS-feed (?) te maken van jouw zoekopdracht.
nieuwe zoekopdracht
A novel metabarcoding primer pair for environmental DNA analysis of Cephalopoda (Mollusca) targeting the nuclear 18S rRNA region
de Jonge, D.S.W.; Merten, V.; Bayer, T.; Puebla, O.; Reusch, Th.B.H.; Hoving, H.-J.T. (2021). A novel metabarcoding primer pair for environmental DNA analysis of Cephalopoda (Mollusca) targeting the nuclear 18S rRNA region. Royal Society Open Science 8(2): 201388. https://dx.doi.org/10.1098/rsos.201388
In: Royal Society Open Science. The Royal Society: London. ISSN 2054-5703; e-ISSN 2054-5703
|   |
| Trefwoorden |
Cephalopoda [WoRMS]
Marien/Kust |
| Author keywords |
Cephalopoda, metabarcoding, environmental DNA, universal primer |
| Auteurs | | Top |
- de Jonge, D.S.W.
- Merten, V.
- Bayer, T.
|
- Puebla, O.
- Reusch, Th.B.H.
- Hoving, H.-J.T.
|
|
| Abstract |
Cephalopods are pivotal components of marine food webs, but biodiversity studies are hampered by challenges to sample these agile marine molluscs. Metabarcoding of environmental DNA (eDNA) is a potentially powerful technique to study oceanic cephalopod biodiversity and distribution but has not been applied thus far. We present a novel universal primer pair for metabarcoding cephalopods from eDNA, Ceph18S (Forward: 5′-CGC GGC GCT ACA TAT TAG AC-3′, Reverse: 5′-GCA CTT AAC CGA CCG TCG AC-3′). The primer pair targets the hypervariable region V2 of the nuclear 18S rRNA gene and amplifies a relatively short target sequence of approximately 200 bp in order to allow the amplification of degraded DNA. In silico tests on a reference database and empirical tests on DNA extracts from cephalopod tissue estimate that 44–66% of cephalopod species, corresponding to about 310–460 species, can be amplified and identified with this primer pair. A multi-marker approach with the novel Ceph18S and two previously published cephalopod mitochondrial 16S rRNA primer sets targeting the same region (Jarman et al. 2006 Mol. Ecol. Notes.6, 268–271; Peters et al. 2015 Mar. Ecol.36, 1428–1439) is estimated to amplify and identify 89% of all cephalopod species, of which an estimated 19% can only be identified by Ceph18S. All sequences obtained with Ceph18S were submitted to GenBank, resulting in new 18S rRNA sequences for 13 cephalopod taxa. |
IMIS is ontwikkeld en wordt gehost door het VLIZ.
