Zoeken
Zoeken kan via de modus 'eenvoudig zoeken' (één veld) of uitgebreid via 'geavanceerd zoeken' (meerdere velden). Zo kan je bv. zoeken op een combinatie van een auteursnaam (auteur), een jaartal (jaar) en een documenttype.
Boekenmand
Nuttige resultaten kan je aanvinken en toevoegen aan een mandje. De inhoud hiervan kan je exporteren of afdrukken (naar bv. PDF).
RSS
Op de hoogte blijven van nieuw toegevoegde publicaties binnen uw interessegebied? Dit kan door een RSS-feed (?) te maken van jouw zoekopdracht.
nieuwe zoekopdracht
Metabarcoding meiofauna biodiversity assessment in four beaches of Northern Colombia: effects of sampling protocols and primer choice
Castro, L.R.; Meyer, R.S.; Shapiro, B.; Shirazi, S.; Cutler, S.; Lagos, A.M.; Quiroga, S.Y. (2021). Metabarcoding meiofauna biodiversity assessment in four beaches of Northern Colombia: effects of sampling protocols and primer choice. Hydrobiologia 848(15): 3407-3426. https://dx.doi.org/10.1007/s10750-021-04576-z
In: Hydrobiologia. Springer: The Hague. ISSN 0018-8158; e-ISSN 1573-5117, meer
|  |
| Auteurs | | Top |
- Castro, L.R.
- Meyer, R.S.
- Shapiro, B.
- Shirazi, S.
|
- Cutler, S.
- Lagos, A.M.
- Quiroga, S.Y.
|
|
| Abstract |
Environmental DNA (eDNA) metabarcoding can enhance understanding of global biodiversity by making it possible to study taxonomic groups that are difficult to sample. However, experimental choices made when generating eDNA data can impact biodiversity surveys and must be carefully considered during study design. Here, we explored the impact of DNA extraction protocol and metabarcode choice on recovery of meiofauna DNA from sand. We extracted DNA from untreated sand and from sand treated with either Ludox or MgCl2 and amplified DNA using the 18S and CO1 metabarcodes. We found differences in species composition and richness both between metabarcodes and among sampling strategies, confirming the sensitivity of the experiments to both parameters. Combining data from multiple barcodes and from multiple extraction protocols increased recovered meiofaunal taxonomic diversity. Future metabarcoding studies and meta-analyses should consider the effects of sampling protocols on biodiversity. Our results also highlight the need to continue to improve existing reference databases of morphological and molecular characterization of meiofauna, in particular of the tropics, which are poorly represented in existing databases. |
IMIS is ontwikkeld en wordt gehost door het VLIZ.
