Zoeken
Zoeken kan via de modus 'eenvoudig zoeken' (één veld) of uitgebreid via 'geavanceerd zoeken' (meerdere velden). Zo kan je bv. zoeken op een combinatie van een auteursnaam (auteur), een jaartal (jaar) en een documenttype.
Boekenmand
Nuttige resultaten kan je aanvinken en toevoegen aan een mandje. De inhoud hiervan kan je exporteren of afdrukken (naar bv. PDF).
RSS
Op de hoogte blijven van nieuw toegevoegde publicaties binnen uw interessegebied? Dit kan door een RSS-feed (?) te maken van jouw zoekopdracht.
nieuwe zoekopdracht
Barcoding a can of worms: testing cox1 performance as a DNA barcode of Nematoda
Gonçalves, L.T.; Bianchi, F.M.; Deprá, M.; Calegaro-Marques, C. (2021). Barcoding a can of worms: testing cox1 performance as a DNA barcode of Nematoda. Genome 64(7): 705-717. https://dx.doi.org/10.1139/gen-2020-0140
In: Genome. ISSN 0831-2796; e-ISSN 1480-3321
|  |
| Auteurs | | Top |
- Gonçalves, L.T.
- Bianchi, F.M.
- Deprá, M.
- Calegaro-Marques, C.
|
|
|
| Abstract |
Accurate taxonomic identifications and species delimitations are a fundamental problem in biology. The complex taxonomy of Nematoda is primarily based on morphology, which is often dubious. DNA barcoding emerged as a handy tool to identify specimens and assess diversity, but its applications in Nematoda are incipient. We evaluated cytochrome c oxidase subunit I (cox1) efficiency as a DNA barcode for nematodes scrutinising 5241 sequences retrieved from BOLD and GenBank. The samples included genera with medical, agricultural, or ecological relevance: Anguillicola, Caenorhabditis, Heterodera, Meloidogyne, Onchocerca, Strongyloides, and Trichinella. We assessed cox1 performance through barcode gap and Probability of Correct Identification (PCI) analyses, and estimated species richness through Automatic Barcode Gap Discovery (ABGD). Each genus presented distinct gap ranges, mirroring the evolutionary diversity within Nematoda. Thus, to survey the diversity of the phylum, a careful definition of thresholds for lower taxonomic levels should be considered. PCIs were around 70% for both databases, highlighting operational biases and challenges in nematode taxonomy. ABGD inferred higher richness than the taxonomic labels informed by databases. The prevalence of specimen misidentifications and dubious species delimitations emphasise the value of integrative approaches to nematode taxonomy and systematics. Overall, cox1 is a relevant tool for integrative taxonomy of nematodes. |
IMIS is ontwikkeld en wordt gehost door het VLIZ.
