Zoeken
Zoeken kan via de modus 'eenvoudig zoeken' (één veld) of uitgebreid via 'geavanceerd zoeken' (meerdere velden). Zo kan je bv. zoeken op een combinatie van een auteursnaam (auteur), een jaartal (jaar) en een documenttype.
Boekenmand
Nuttige resultaten kan je aanvinken en toevoegen aan een mandje. De inhoud hiervan kan je exporteren of afdrukken (naar bv. PDF).
RSS
Op de hoogte blijven van nieuw toegevoegde publicaties binnen uw interessegebied? Dit kan door een RSS-feed (?) te maken van jouw zoekopdracht.
nieuwe zoekopdracht
Improving phylogenetic inference of core Chlorophyta using chloroplast sequences with strong phylogenetic signals and heterogeneous models
Fang, L.; Leliaert, F.; Novis, P.M.; Zhang, Z.; Zhu, H.; Liu, G.; Penny, D.; Zhong, B. (2018). Improving phylogenetic inference of core Chlorophyta using chloroplast sequences with strong phylogenetic signals and heterogeneous models. Mol. Phylogenet. Evol. 127: 248-255. https://dx.doi.org/10.1016/j.ympev.2018.06.006
In: Molecular Phylogenetics and Evolution. Elsevier: Orlando, FL. ISSN 1055-7903; e-ISSN 1095-9513
|  |
| Trefwoord |
|
| Author keywords |
Green algae; Phylogenomics; GC-heterogeneous sites; Heterogeneous models; Phylogenetic signals |
| Auteurs | | Top |
- Fang, L.
- Leliaert, F.
- Novis, P.M.
- Zhang, Z.
|
- Zhu, H.
- Liu, G.
- Penny, D.
- Zhong, B.
|
|
| Abstract |
Phylogenetic relationships within the green algal phylum Chlorophyta have proven difficult to resolve. The core Chlorophyta include Chlorophyceae, Ulvophyceae, Trebouxiophyceae, Pedinophyceae and Chlorodendrophyceae, but the relationships among these classes remain unresolved and the monophyly of Ulvophyceae and Trebouxiophyceae are highly controversial. We analyzed a dataset of 101 green algal species and 73 protein-coding genes sampled from complete and partial chloroplast genomes, including six newly sequenced ulvophyte genomes (Blidingia minima NIES-1837, Ulothrix zonata, Halochlorococcum sp. NIES-1838, Scotinosphaera sp. NIES-154, Caulerpa brownii and Cephaleuros sp. HZ-2017). We applied the Tree Certainty (TC) score to quantify the level of incongruence between phylogenetic trees in chloroplast genomic datasets, and show that the conflicting phylogenetic trees of core Chlorophyta stem from the most GC-heterogeneous sites. With removing the most GC-heterogeneous sites, our chloroplast phylogenomic analyses using heterogeneous models consistently support monophyly of the Chlorophyceae and of the Trebouxiophyceae, but the Ulvophyceae was resolved as polyphyletic. Our analytical framework provides an efficient approach to reconstruct the optimal phylogenetic relationships by minimizing conflicting signals. |
IMIS is ontwikkeld en wordt gehost door het VLIZ.
