Zoeken
Zoeken kan via de modus 'eenvoudig zoeken' (één veld) of uitgebreid via 'geavanceerd zoeken' (meerdere velden). Zo kan je bv. zoeken op een combinatie van een auteursnaam (auteur), een jaartal (jaar) en een documenttype.
Boekenmand
Nuttige resultaten kan je aanvinken en toevoegen aan een mandje. De inhoud hiervan kan je exporteren of afdrukken (naar bv. PDF).
RSS
Op de hoogte blijven van nieuw toegevoegde publicaties binnen uw interessegebied? Dit kan door een RSS-feed (?) te maken van jouw zoekopdracht.
nieuwe zoekopdracht
Defining genome-wide CRISPR–Cas genome-editing nuclease activity with GUIDE-seq
Malinin, N.L.; Lee, G.; Lazzarotto, C.R.; Li, Y.; Zheng, Z.; Nguyen, N.T.; Liebers, M.; Topkar, V.V.; Iafrate, A.J.; Le, L.P.; Aryee, M.J.; Joung, J.K.; Tsai, S.Q. (2021). Defining genome-wide CRISPR–Cas genome-editing nuclease activity with GUIDE-seq. Nature Protocols 16(12): 5592-5615. https://dx.doi.org/10.1038/s41596-021-00626-x
In: Nature Protocols. Nature Publishing Group: London. ISSN 1754-2189; e-ISSN 1750-2799
|  |
| Auteurs | | Top |
- Malinin, N.L.
- Lee, G.
- Lazzarotto, C.R.
- Li, Y.
- Zheng, Z.
|
- Nguyen, N.T.
- Liebers, M.
- Topkar, V.V.
- Iafrate, A.J.
|
- Le, L.P.
- Aryee, M.J.
- Joung, J.K.
- Tsai, S.Q.
|
| Abstract |
Genome-wide unbiased identification of double-stranded breaks enabled by sequencing (GUIDE-seq) is a sensitive, unbiased, genome-wide method for defining the activity of genome-editing nucleases in living cells. GUIDE-seq is based on the principle of efficient integration of an end-protected double-stranded oligodeoxynucleotide tag into sites of nuclease-induced DNA double-stranded breaks, followed by amplification of tag-containing genomic DNA molecules and high-throughput sequencing. Here we describe a detailed GUIDE-seq protocol including cell transfection, library preparation, sequencing and bioinformatic analysis. The entire protocol including cell culture can be completed in 9 d. Once tag-integrated genomic DNA is isolated, library preparation, sequencing and analysis can be performed in 3 d. The result is a genome-wide catalog of off-target sites ranked by nuclease activity as measured by GUIDE-seq read counts. GUIDE-seq is one of the most sensitive cell-based methods for defining genome-wide off-target activity and has been broadly adopted for research and therapeutic use. |
IMIS is ontwikkeld en wordt gehost door het VLIZ.
