Zoeken
Zoeken kan via de modus 'eenvoudig zoeken' (één veld) of uitgebreid via 'geavanceerd zoeken' (meerdere velden). Zo kan je bv. zoeken op een combinatie van een auteursnaam (auteur), een jaartal (jaar) en een documenttype.
Boekenmand
Nuttige resultaten kan je aanvinken en toevoegen aan een mandje. De inhoud hiervan kan je exporteren of afdrukken (naar bv. PDF).
RSS
Op de hoogte blijven van nieuw toegevoegde publicaties binnen uw interessegebied? Dit kan door een RSS-feed (?) te maken van jouw zoekopdracht.
nieuwe zoekopdracht
Virus classification for viral genomic fragments using PhaGCN2
Jiang, J.-Z.; Yuan, W.-G.; Shang, J.; Shi, Y.-H.; Yang, L.-L.; Liu, M.; Zhu, P.; Jin, T.; Sun, Y.; Yuan, L.-H. (2023). Virus classification for viral genomic fragments using PhaGCN2. Briefings in Bioinformatics 24(1): bbac505. https://dx.doi.org/10.1093/bib/bbac505
In: Briefings in Bioinformatics. OXFORD UNIV PRESS: Oxford. ISSN 1467-5463; e-ISSN 1477-4054
|  |
| Trefwoord |
|
| Author keywords |
graph convolutional network, semi-supervised machine learning, virus classification, ICTV, PhaGCN2 |
| Auteurs | | Top |
- Jiang, J.-Z.
- Yuan, W.-G.
- Shang, J.
- Shi, Y.-H.
|
- Yang, L.-L.
- Liu, M.
- Zhu, P.
|
- Jin, T.
- Sun, Y.
- Yuan, L.-H.
|
| Abstract |
Viruses are the most ubiquitous and diverse entities in the biome. Due to the rapid growth of newly identified viruses, there is an urgent need for accurate and comprehensive virus classification, particularly for novel viruses. Here, we present PhaGCN2, which can rapidly classify the taxonomy of viral sequences at the family level and supports the visualization of the associations of all families. We evaluate the performance of PhaGCN2 and compare it with the state-of-the-art virus classification tools, such as vConTACT2, CAT and VPF-Class, using the widely accepted metrics. The results show that PhaGCN2 largely improves the precision and recall of virus classification, increases the number of classifiable virus sequences in the Global Ocean Virome dataset (v2.0) by four times and classifies more than 90% of the Gut Phage Database. PhaGCN2 makes it possible to conduct high-throughput and automatic expansion of the database of the International Committee on Taxonomy of Viruses. |
IMIS is ontwikkeld en wordt gehost door het VLIZ.
