Zoeken
Zoeken kan via de modus 'eenvoudig zoeken' (één veld) of uitgebreid via 'geavanceerd zoeken' (meerdere velden). Zo kan je bv. zoeken op een combinatie van een auteursnaam (auteur), een jaartal (jaar) en een documenttype.
Boekenmand
Nuttige resultaten kan je aanvinken en toevoegen aan een mandje. De inhoud hiervan kan je exporteren of afdrukken (naar bv. PDF).
RSS
Op de hoogte blijven van nieuw toegevoegde publicaties binnen uw interessegebied? Dit kan door een RSS-feed (?) te maken van jouw zoekopdracht.
nieuwe zoekopdracht
Using PhyloSuite for molecular phylogeny and tree‐based analyses
Xiang, C.-Y.; Gao, F.; Jakovlic, I.; Lei, H.-P.; Hu, Y.; Zhang, H.; Zou, H.; Wang, G.-T.; Zhang, D. (2023). Using PhyloSuite for molecular phylogeny and tree‐based analyses. iMeta 2(1): e87. https://dx.doi.org/10.1002/imt2.87
In: iMeta. Wiley: Australia. ISSN 2770-5986; e-ISSN 2770-596X
|  |
| Auteurs | | Top |
- Xiang, C.-Y.
- Gao, F.
- Jakovlic, I.
|
- Lei, H.-P.
- Hu, Y.
- Zhang, H.
|
- Zou, H.
- Wang, G.-T.
- Zhang, D.
|
| Abstract |
Phylogenetic analysis has entered the genomics (multilocus) era. For less experienced researchers, conquering the large number of software programs required for a multilocus-based phylogenetic reconstruction can be somewhat daunting and time-consuming. PhyloSuite, a software with a user-friendly GUI, was designed to make this process more accessible by integrating multiple software programs needed for multilocus and single-gene phylogenies and further streamlining the whole process. In this protocol, we aim to explain how to conduct each step of the phylogenetic pipeline and tree-based analyses in PhyloSuite. We also present a new version of PhyloSuite (v1.2.3), wherein we fixed some bugs, made some optimizations, and introduced some new functions, including a number of tree-based analyses, such as signal-to-noise calculation, saturation analysis, spurious species identification, and etc. The step-by-step protocol includes background information (i.e., what the step does), reasons (i.e., why do the step), and operations (i.e., how to do it). This protocol will help researchers quick-start their way through the multilocus phylogenetic analysis, especially those interested in conducting organelle-based analyses. |
IMIS is ontwikkeld en wordt gehost door het VLIZ.
