Zoeken
Zoeken kan via de modus 'eenvoudig zoeken' (één veld) of uitgebreid via 'geavanceerd zoeken' (meerdere velden). Zo kan je bv. zoeken op een combinatie van een auteursnaam (auteur), een jaartal (jaar) en een documenttype.
Boekenmand
Nuttige resultaten kan je aanvinken en toevoegen aan een mandje. De inhoud hiervan kan je exporteren of afdrukken (naar bv. PDF).
RSS
Op de hoogte blijven van nieuw toegevoegde publicaties binnen uw interessegebied? Dit kan door een RSS-feed (?) te maken van jouw zoekopdracht.
nieuwe zoekopdracht
Near-chromosomal-level genome assembly of the sea urchin Echinometra lucunter, a model for speciation in the sea
Davidson, P.L.; Lessios, H.A.; Wray, G.A.; McMillan, W.O.; Prada, C. (2023). Near-chromosomal-level genome assembly of the sea urchin Echinometra lucunter, a model for speciation in the sea. Genome Biology and Evolution 15(6): evad093. https://dx.doi.org/10.1093/gbe/evad093
In: Genome Biology and Evolution. Oxford University Press: Oxford. ISSN 1759-6653; e-ISSN 1759-6653
|   |
| Trefwoorden |
Echinodermata [WoRMS]; Echinometra lucunter (Linnaeus, 1758) [WoRMS]
Marien/Kust |
| Author keywords |
genome, assembly, sea urchin, Echinometra lucunter, echinoderm, marine speciation |
| Auteurs | | Top |
- Davidson, P.L.
- Lessios, H.A.
- Wray, G.A.
|
|
|
| Abstract |
Echinometra lucunter, the rock-boring sea urchin, is a widely distributed echinoid and a model for ecological studies of reproduction, responses to climate change, and speciation. We present a near chromosome-level genome assembly of E. lucunter, including 21 scaffolds larger than 10 Mb predicted to represent each of the chromosomes of the species. The 760.4 Mb assembly includes a scaffold N50 of 30.0 Mb and BUSCO (benchmarking universal single-copy orthologue) single copy and a duplicated score of 95.8% and 1.4%, respectively. Ab-initio gene model prediction and annotation with transcriptomic data constructed 33,989 gene models composing 50.4% of the assembly, including 37,036 transcripts. Repetitive elements make up approximately 39.6% of the assembly, and unresolved gap sequences are estimated to be 0.65%. Whole genome alignment with Echinometra sp. EZ revealed high synteny and conservation between the two species, further bolstering Echinometra as an emerging genus for comparative genomics studies. This genome assembly represents a high-quality genomic resource for future evolutionary and developmental studies of this species and more broadly of echinoderms. |
IMIS is ontwikkeld en wordt gehost door het VLIZ.
