Over het archief
Het OWA, het open archief van het Waterbouwkundig Laboratorium heeft tot doel alle vrij toegankelijke onderzoeksresultaten van dit instituut in digitale vorm aan te bieden. Op die manier wil het de zichtbaarheid, verspreiding en gebruik van deze onderzoeksresultaten, alsook de wetenschappelijke communicatie maximaal bevorderen.
Dit archief wordt uitgebouwd en beheerd volgens de principes van de Open Access Movement, en het daaruit ontstane Open Archives Initiative.
Basisinformatie over ‘Open Access to scholarly information'.
instaGRAAL: chromosome-level quality scaffolding of genomes using a proximity ligation-based scaffolder
Baudry, L.; Guiglielmoni, N.; Marie-Nelly, H.; Cormier, A.; Marbouty, M.; Avia, K.; Mie, Y.L.; Godfroy, O.; Sterck, L.; Cock, J.M.; Zimmer, C.; Coelho, S.M.; Koszul, R. (2020). instaGRAAL: chromosome-level quality scaffolding of genomes using a proximity ligation-based scaffolder. Genome Biol. 21(1): 148. https://hdl.handle.net/10.1186/s13059-020-02041-z
In: Genome Biology. BMC: London. ISSN 1465-6906; e-ISSN 1474-760X, meer
|   |
| Trefwoorden |
Desmarestia herbacea (Turner) J.V.Lamouroux, 1813 [WoRMS]; Ectocarpus Lyngbye, 1819 [WoRMS]
Marien/Kust |
| Author keywords |
Ectocarpus; Hi-C scaffolding; Hi-C; genome assembly; MCMC; GPU; Desmarestia herbacea |
| Auteurs | | Top |
- Baudry, L.
- Guiglielmoni, N., meer
- Marie-Nelly, H.
- Cormier, A.
- Marbouty, M.
|
- Avia, K.
- Mie, Y.L.
- Godfroy, O.
- Sterck, L., meer
|
- Cock, J.M.
- Zimmer, C.
- Coelho, S.M.
- Koszul, R.
|
| Abstract |
Hi-C exploits contact frequencies between pairs of loci to bridge and order contigs during genome assembly, resulting in chromosome-level assemblies. Because few robust programs are available for this type of data, we developed instaGRAAL, a complete overhaul of the GRAAL program, which has adapted the latter to allow efficient assembly of large genomes. instaGRAAL features a number of improvements over GRAAL, including a modular correction approach that optionally integrates independent data. We validate the program using data for two brown algae, and human, to generate near-complete assemblies with minimal human intervention. |
IMIS is ontwikkeld en wordt gehost door het VLIZ.
